来自储存样本本身和从周围大气中入侵。
这个来源的微生物是在样本采集和处理过程中引入的、寄生在皮肤上的微生物，如链球菌、丙酸杆菌和葡萄球菌。
液氮罐中环境污染的风险，这种储存罐既可以用液氮作冷媒，又可以用气态氮作冷媒。研究人员发现，在5个液氮罐中，有4个储存罐受到了环境和皮肤上的细菌较低水平的污染(芽孢杆菌、棒状杆菌、葡萄球菌、链球菌、曲霉属真菌和青霉菌)，而气态氮储存罐则被真菌严重污染(曲霉菌和青霉菌）。
罐盖下和罐边沿形成的霜尤其能滋生这些微生物，而这也被认定为具有潜在的污染风险，真菌孢子可以被氮气带到液氮罐周围的环境中，并在氮气冷凝后流入到其它液氮罐中。
对27个进口杜瓦瓶液氮罐中的89个样本进行了分析，报告了细菌随储存时间和开罐次数的增加而增加，并且证明了液氮罐的特定位置在微生物污染的发生过程中起到了作用。总之，为了控制微生物污染的风险，必须对液氮罐的技术环境，如空气、水、空气过滤器、供应系统、样本采集和处理的过程进行专门评估，以排除液氮罐中潜在的污染物。
为了保持无菌条件，应定期清洁设备，包括自动化系统的操作臂和橱柜，以避免污染物通过样本容器的外表面传播。
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